A pesar de las mejoras, todavía persisten problemas y deficiencias en la infraestructura ferroviaria que afectan la conectividad y la calidad del servicio. 

Es importante destacar que, aunque Badajoz está conectada por AVE a Madrid, otras ciudades clave de Extremadura todavía no tienen conexión directa de alta velocidad, ni con Madrid ni con otras regiones, lo que hace que el tiempo de viaje en tren siga siendo lento en comparación con otros medios.